Los ecosistemas de Galápagos no pueden sobrevivir sin la protección del ecosistema marino. Muchas especies nativas y endémicas dependen en su totalidad de los ambientes marinos y de los procesos evolutivos y ecológicos que ocurren en la tierra y que tienen relación directa con el mar.El cormorán no volador de Galápagos ha seguido una curiosa evolución. Ante la ausencia de depredadores, ha dejado de volar para convertirse en un experto nadador submarino, obteniento todo su alimento debajo de la superficie.
Pingüinos, cormoranes, lobos marinos, lobos peleteros y albatros, por ejemplo, descansa en tierra, pero se alimentan exclusivamente en el mar.
Al momento se han reportado más de 2.900 especies marinas existentes, de las cuales un 25% de organismos marinos son endémicos. Están presentes varias especies de mamíferos marinos como ballenas, delfines y lobos marinos, en un total de 24, con dos endemismos. Este hecho motivó también la declaratoria de Santuario de Ballenas en 1990.
Para mantener el equilibrio natural entre las diferentes especies y para mantener sus ecosistemas, es vital que se conserven sus bases de alimentación. Al igual que la biodiversidad de los ecosistemas terrestres, la del ambiente marino representa un sistema importante que merece un tratamiento especial.
La designación de la Reserva Marina de Galápagos reconoce los principios de conservación, y crea los fundamentos legales para ese tratamiento especial.
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